晚清光绪年间，岭南庆州府爆发百年不遇的特大瘟疫，病死乡民百姓无数。消息传到京城两宫太后的耳朵里，西太后命军机处大学士、户部尚书吴一铭为钦差大人，亲赴岭南，视察灾区，安抚灾民。正当吴一铭在庆州访疾问苦时，得知岭南有一世医老吉光济灾民、药到病除时，庆州地面又出现一奇特女侠。一天，女侠在自己蒙冤而去的父亲坟头祭奠时，偶遇一伙劫匪，打劫一行印有“老吉药铺”字样的镖车。女侠行侠仗义，一番交手击退劫匪时，镖师中剑身亡，留下几车白花花的银子。女侠所骥而来，在庆州府街头找到“老吉药铺”的老板老吉。此时，吴一铭的到来，让知府孙子玉如坐针毡。原来，孙子玉伙同药铺老板贺天章侵吞朝廷拨来的赈灾白银二十万两，并以此上贡京城一个叫“主公”的主子。为了避免女侠将上贡主公的白银丢失一事捅到吴一铭的耳朵里，孙子玉接受了贺天章的建议，采用“引蛇出洞”之计让女侠露面。谁料想，孙子玉的手下不是女侠的对手，贺天章的计策落空。此时，吴一铭已经觉察到孙子玉形迹可疑，并略施手腕，以示警戒。一计不成，贺天章又生一计，决定采用“借刀杀人”，嫁祸老吉。孙子玉嫁祸老吉再次落空后，贺天章拿出了最后的杀手锏,建议孙子玉卖主保命，把京城的主公供出来。结果，孙子玉将京城自己从未见过面的主公供给吴一铭后，在一天夜里被人用毒药毒死。而这一幕正好被女侠撞上，并拾到了刺客匆忙间丢下的药葫芦。女侠的父亲赖大人曾经也是朝廷的一名命官，含冤而去后，亲生女儿赖红姑一直在寻觅父亲的死因。发现孙子玉惨死的样子跟父亲当年相仿后，赖红姑寻访当年经手此案的老先生，并获悉此药系“阴阳夺命散”，出自京城一家叫“济世堂”的药房。孙子玉暴病而亡后，老吉因为事发当时正好在知府而被吴一铭羁押至大牢。赖红姑的一趟京城之行揭开了这其中的秘密。当赖红姑冒以“济世堂”大小姐的身份，拿着在顺亲王府请来的一面密碟出现在贺天章的府上时，贺天章豪无觉察自己的小命已经走到了尽头。螳螂捕蝉，黄雀在后。赖红姑在西山启获那批上贡的白银时，“济世堂”真正的主子、孙子玉在京城的主公吴一铭带兵而来。危急关头，顺亲亡的密碟让官居吴一铭落入两广总督之手。岭南草医老吉得以重见天日，从此写下一段与赖红姑执手知己红颜的美谈。一辆伪装的镖车被劫，大量朝廷赈灾官银外泄，从而牵扯出一桩贪赃枉法的大案。侠女赖红姑为揭开谜底，深入调查，几经反复，一个个替罪羊相继喋血丧命，使案情变得愈加扑朔迷离。
电影